Les conséquences de cette pollution des milieux aquatiques sont multiples : les mortalités massives d’espèces végétales et animales, l’eutrophisation des milieux, l’intoxication des écosystèmes, les perturbations endocriniennes sur les populations concernées mais aussi l’apparition de maladies...
D'après le ministère de l’écologie, du développement durable et de l’énergie, 80 % de la population mondiale est impactée négativement par la dégradation des ressources en eau douce. L’importante quantité de produits chimiques, sous la forme de divers contaminants dans les eaux continentales représente une des principales menaces qui pèsent sur la sécurité hydrique, dû en partie par l’agriculture.